W 2009 r. został dyrektorem Teatru Syrena i tym samym otworzył nowy rozdział w naszej historii. W Syrenie pojawiał się już kilka lat wcześniej, grając i reżyserując spektakle komediowe, w tym przebojowy „Klub hipochondryków” z 2003 r., w którym grał u boku Zbigniewa Zamachowskiego i Piotra Polka. Za jego dyrekcji Syrena oddaliła się od lekkiego repertuaru, kierując się w stronę teatru środka. Nadal graliśmy komedie, nie stroniliśmy jednak od adaptacji klasyki (m.in. „Czarodziejska góra” z 2015 r.), czy zaskakujących prapremier (m.in. „Skazani na Shawshank” z 2011 r.). Za dyrekcji Wojciecha Malajkata ważną rolę odgrywały także spektakle muzyczne, czyli znak rozpoznawczy Syreny.
